Produkty

5′-O-DMTr-5-jodo-2′-dU-3′-CED fosforoamidyt (C₃₉H₄₆IN₄O₈P, MW 856,68 g/mol) jest analogiem nukleozydu purynowego i modyfikowanym elementem budulcowym fosforoamidytu deoksyurydyny do syntezy oligonukleotydów. Strukturalnie amidofosforyn 5′-O-DMTr-5-jodo-2′-dU-3′-CED składa się z rdzenia 2′-deoksyurydyny z podstawieniem 5-jodo na bazie uracylu, grupy zabezpieczającej 5′-O-dimetoksytritylu (DMTr) i Ugrupowanie 3′-[(2-cyjanoetylo)-(N,N-diizopropylo)]-fosforamidyt do automatycznej syntezy DNA.

Produktem jest 1,1'-bifenyl, 3-bromo-2-metylo-, ortogonalnie funkcjonalizowany bifenyl, w którym atom bromu znajduje się w pozycji 3, a grupa metylowa zajmuje pozycję 2 jednego pierścienia aromatycznego. Brom jest uniwersalnym narzędziem do katalizowanego palladem sprzęgania krzyżowego (Suzuki, Buchwald, Negishi) lub wymiany litowo-halogenowej, podczas gdy grupa metylowa zapewnia masę steryczną i moduluje gęstość elektronów pierścienia. Niepodstawiony pierścień fenylowy w pozycji 1 uzupełnia strukturę bifenylową, tworząc rusztowanie, które można przekształcić w niesymetryczne, silnie podstawione biaryle z precyzyjną kontrolą rozmieszczenia grup funkcyjnych.

1,7-Bis(tert-butoksykarbonylometylo)-1,4,7,10-tetraazacyklododekan jest symetrycznie difunkcjonalizowaną pochodną cyklenu (1,4,7,10-tetraazacyklododekanu), w którym dwa przeciwne pierścieniowe atomy azotu w pozycjach 1 i 7 mają ramię octanu tert-butylu. Rdzeń makrocykliczny składa się z dwunastoczłonowego pierścienia zawierającego cztery atomy azotu aminy drugorzędowej oddzielone mostkami etylenowymi. Dwa z tych atomów azotu pozostają w postaci wolnych amin drugorzędowych, podczas gdy pozostałe dwa są N-alkilowane grupami tert-butoksykarbonylometylowymi (CH2CO2tBu), tworząc układ trans-1,7-dipodstawiony. Estry tert-butylowe służą jako zabezpieczone prekursory kwasów karboksylowych, które można rozszczepić w warunkach kwasowych, aby ujawnić odpowiednie grupy funkcyjne kwasu octowego. Taki układ pozostawia dwa miejsca dla aminy drugorzędowej dostępne do dalszej selektywnej N-funkcjonalizacji, czyniąc cząsteczkę regioselektywnie chronionym związkiem pośrednim do konstruowania asymetrycznie podstawionych chelatorów i koniugatów na bazie cyklenu.

Fosforamidyt Ac-dC (C₄₁H₅₀N₅O₈P, masa cząsteczkowa 771,84 g/mol) to zmodyfikowany element budulcowy amidofosforyny deoksycytydyny do syntezy oligonukleotydów, formalnie znany jako 5′-O-(4,4′-dimetoksytritylo)-N⁴-acetylo-2′-deoksycytydyna 3′-[(2-cyjanoetylo)-(N,N-diizopropylo)]-fosforoamidyt. Strukturalnie Ac-dC Fosforoamidyt składa się z rdzenia 2′-deoksycytydynowego z grupą zabezpieczającą N⁴-acetylową na zasadzie cytozyny, grupy zabezpieczającej 5′-O-dimetoksytrytylowej (DMTr) i ugrupowania 3′-(2-cyjanoetylo)-(N,N-diizopropylo)fosforamidytowego. Grupa N⁴-acetylowa jest strategią zabezpieczającą nietrwałą w środowisku kwasowym, która umożliwia szybsze odbezpieczanie w łagodnych warunkach w porównaniu z tradycyjnym zabezpieczeniem benzoilem (Bz). Ac-dC Phosphoramidite został specjalnie zaprojektowany do syntezy oligonukleotydów UltraMild, gdzie krytyczne znaczenie ma szybkie usunięcie grupy zabezpieczającej i zgodność z wrażliwymi modyfikacjami.

2′-OMe-Bz-C Fosforoamidyt (C₄₇H₅₄N₅O₉P, MW 863,93 g/mol) to zmodyfikowany element budulcowy amidofosforyny rybocytyny do syntezy oligonukleotydów RNA, formalnie znany jako N⁴-benzoilo-5′-O-(4,4′-dimetoksytritylo)-2′-O-metylocytydyna 3′-[(2-cyjanoetylo)-(N,N-diizopropylo)]-fosforamidyt. Strukturalnie 2′-OMe-Bz-C fosforamidyt składa się z rdzenia rybocytydynowego z grupą 2′-O-metylową (która nadaje oporność na nukleazy i zwiększoną stabilność dupleksu RNA), grupy zabezpieczającej N⁴-benzoilu na zasadzie cytozyny, grupy zabezpieczającej 5′-O-DMTr i ugrupowania 3′-fosforamidytowego. Modyfikacja 2′-O-metylowa jest jedną z najczęściej stosowanych modyfikacji szkieletu RNA w oligonukleotydach terapeutycznych, ponieważ zwiększa stabilność metaboliczną i powinowactwo wiązania, jednocześnie zmniejszając immunogenność. 2′-OMe-Bz-C Fosforamidyn jest kluczowym elementem budulcowym do syntezy oligonukleotydów 2′‑O-metylo RNA stosowanych w terapii antysensownej, siRNA i diagnostyce opartej na RNA.

Produktem jest 2'-METYL[1,1'-BIFENYL]-3-OL, rusztowanie bifenylowe składające się z pierścienia fenolowego i pierścienia toluenowego połączonych w pozycjach 1 i 1'. Fenolowa grupa hydroksylowa znajduje się w pozycji meta względem wiązania bifenylowego, podczas gdy pojedyncza grupa metylowa zajmuje pozycję orto sąsiedniego pierścienia. Ten wzór podstawienia tworzy przesuniętą sterycznie, osiowo elastyczną strukturę, w której fenol może służyć jako uchwyt nukleofilowy, donor wiązania wodorowego lub prekursor pochodnych triflatowych do dalszego sprzęgania krzyżowego. Związek zapewnia prosty punkt wejścia do farmakoforów metapodstawionych bifenylu.