2'-O-metylo-rA(N-Bz)fosforamidyt

2′-O-Metylo-rA(N-Bz) Fosforamidyn to zmodyfikowany monomer fosforoamidynowy, który można wykorzystać do syntezy oligonukleotydów. Modyfikacja 2′-O-metylu nadaje znaczną oporność na nukleazy na oligonukleotydy, zachowując jednocześnie właściwości wiązań wodorowych dupleksów RNA/RNA wierniej niż hybrydy DNA/RNA. W zastosowaniach związanych z interferencją RNA (RNAi) 2′-O-metylo-rA(N-Bz)fosforoamidyn jest często włączany do nici sensownych i antysensownych małych dupleksów interferującego RNA (siRNA) w celu zwiększenia stabilności surowicy i ograniczenia efektów ubocznych bez uszczerbku dla aktywności RNAi. 2′-O-metylo-rA(N-Bz)fosforyn służy również jako kluczowy element budulcowy w syntezie chemicznej oligonukleotydów RNA zawierających specyficzne dla miejsca modyfikacje 2′-O-metyloadenozyny; grupy zabezpieczające (DMT w pozycji 5′, Bz w pozycji N6, fosforamidyt CE w pozycji 3′) umożliwiają stopniowe składanie nici RNA z dużą wiernością i kontrolą na zautomatyzowanych syntezatorach DNA/RNA. Oprócz terapii RNA, 2′-O-metylo-rA(N-Bz)fosforamidyt znalazł zastosowanie w syntezie modeli RNA rozgałęzionych fosforanami do badania nietypowych architektur RNA oraz do przygotowania stabilizowanych termicznie fluorescencyjnych sond oligonukleotydowych.

Parametry produktu

Dlaczego Cosperpharm? – Nasze przewagi konkurencyjne

Zalety produktu

1. Modyfikacja 2′-O-metylowa pod kątem odporności na nukleazy i stabilności termicznej

Modyfikacja 2′-O-metylu w pozycji 2′ rybozy jest jedną z najszerzej potwierdzonych modyfikacji chemicznych w terapeutykach oligonukleotydowych. Oligonukleotydy zawierające 2′-O-metylo-rA(N-Bz)fosforyn wykazują znacznie zwiększoną odporność na endo- i egzonukleazy w porównaniu z niezmodyfikowanym RNA, z poprawioną stabilnością termiczną dupleksów RNA/RNA (zwiększona Tm) bez uszczerbku dla specyficzności parowania zasad Watsona-Cricka. Modyfikację tę z powodzeniem wdrożono w zatwierdzonych przez FDA lekach oligonukleotydowych i wielu kandydatach na etapie klinicznym.

2. Ochrona N6-benzoilu w syntezie o wysokiej wierności

Grupa zabezpieczająca benzoilo (Bz) na egzocyklicznej aminie N6 zasady adeninowej zapobiega niepożądanym reakcjom ubocznym podczas cyklu sprzęgania fosforoamidynu, takim jak zdarzenia rozgałęzienia lub zakończenia łańcucha spowodowane depurynacją lub acylacją. Grupę Bz usuwa się w sposób czysty w standardowych warunkach odbezpieczania oligonukleotydów (stężony amoniak, 55°C, 8–16 godzin lub AMA), uzyskując natywną zasadę adeninową bez wykrywalnych produktów ubocznych.

3. Wstępna organizacja konformacji cukru C3′-Endo

Podstawienie 2′-O-metylowe blokuje cukier rybozy w konformacji C3′-endo (North) — tej samej konformacji przyjętej przez RNA w dupleksach w formie A. Ta wstępna organizacja konformacyjna zmniejsza karę entropiczną po hybrydyzacji z komplementarnymi docelowymi RNA, co skutkuje wyższym powinowactwem wiązania (wyższą Tm) dla oligonukleotydów modyfikowanych 2′-O-metylo w porównaniu z DNA lub niezmodyfikowanym RNA o tej samej sekwencji.

4. Standardowa zgodność grup zabezpieczających dla syntezy automatycznej

2′-O-metylo-rA(N-Bz)fosforoamidyt zawiera te same grupy zabezpieczające 5′-O-DMT i N6-Bz, co w standardowych amidofosforytach RNA, wraz z β-cyjanoetylo (CE)fosforoamidytem w pozycji 3′. Taka konstrukcja zapewnia bezproblemową integrację z istniejącymi zautomatyzowanymi procesami pracy syntezatorów DNA/RNA bez konieczności stosowania specjalistycznych protokołów usuwania zabezpieczeń lub modyfikowania warunków sprzęgania.

5. Szeroka użyteczność terapeutyczna na platformach oligonukleotydowych

2′-O-metylo-rA(N-Bz)fosforyn jest stosowany w wielu platformach terapeutycznych oligonukleotydów: siRNA (modyfikacje nici sensownej i antysensownej), oligonukleotydy antysensowne (ASO) do wyciszania genów, aptamery do ukierunkowanego dostarczania i zastosowań diagnostycznych oraz zmodyfikowane sondy RNA do diagnostyki molekularnej. Modyfikacja 2′-O-metylu jest również szeroko stosowana w przewodnikach RNA CRISPR-Cas w celu zwiększenia stabilności i wydajności edycji.

Scenariusze zastosowań

1. Rozwój terapeutyczny siRNA

Fosforamidyt 2′-O-metylo-rA(N-Bz) stosuje się do wprowadzenia modyfikacji 2′-O-metyloadenozyny do nici sensownych i/lub antysensownych dupleksów małych interferujących RNA (siRNA) w celu zwiększenia stabilności surowicy, ograniczenia efektów ubocznych, w których pośredniczy mechanizm RNAi (np. ładowanie nici pasażerskiej) i zmniejszenia immunostymulacji (aktywacja TLR7/8). Modyfikacja 2′-O-metylu jest standardowym składnikiem wielu klinicznie zaawansowanych platform siRNA.

2. Produkcja oligonukleotydów antysensownych (ASO).

2′-O-metylo-rA(N-Bz)fosforyn jest powszechnie włączany do antysensownych oligonukleotydów do zastosowań w zakresie wyciszania genów. Modyfikacja 2′-O-metylu nadaje oporność na nukleazy na ASO w płynach biologicznych i zwiększa powinowactwo wiązania z komplementarnymi celami RNA bez zakłócania mechanizmów rozszczepiania, w których pośredniczy RNaza H (w przypadku umieszczenia w projektach gapmerów 2′-O-metylo/2′-deoksy).

3. Chemiczna synteza oligonukleotydów RNA

2′-O-metylo-rA(N-Bz)fosforoamidyn służy jako element budulcowy do syntezy chemicznej w fazie stałej oligonukleotydów RNA zawierających specyficzne dla miejsca reszty 2′-O-metyloadenozyny. Grupy zabezpieczające (5′-O-DMT, N6-Bz, amidofosforyn CE) są kompatybilne ze standardowymi cyklami syntezy RNA i warunkami odbezpieczania (NH₃, 55°C, 8–16 h lub AMA), umożliwiając bezproblemową integrację z ustalonymi przepływami pracy syntezy.

4. Projekt fluorescencyjnej sondy oligonukleotydowej

Modyfikacje 2′-O-metylu poprawiają stabilność termiczną sond fluorescencyjnych (np. molekularnych beaconów, sond TaqMan) stosowanych w PCR w czasie rzeczywistym i hybrydyzacji in situ. 2′-O-metylo-rA(N-Bz)fosforyn umożliwia wprowadzenie modyfikacji stabilizujących do sekwencji sond, zwiększając stosunek sygnału do szumu i umożliwiając skuteczniejsze wykrywanie celów RNA o niskiej liczebności.

5. Rozwój aptamerów Wprowadzanie aptamerów modyfikowanych chemicznie

2′-O-metylonukleotydy wykazują lepszą oporność na nukleazy, wydłużony okres półtrwania in vivo i zwiększone powinowactwo wiązania celu w porównaniu z niezmodyfikowanymi aptamerami RNA. 2′-O-metylo-rA(N-Bz)fosforoamidyt to kluczowy element konstrukcyjny umożliwiający generowanie bibliotek aptamerów modyfikowanych 2′-O-metylem poprzez syntezę w fazie stałej.

6. Modyfikacja CRISPR-Cas Guide RNA (gRNA).

Modyfikacje 2′-O-metylu umieszczone w określonych pozycjach gRNA CRISPR-Cas mogą zwiększać stabilność, zmniejszać immunogenność i poprawiać wydajność edycji w komórkach i in vivo. 2′-O-metylo-rA(N-Bz)fosforyn umożliwia specyficzne dla miejsca wprowadzenie reszt 2′-O-metyloadenozyny do chemicznie syntetyzowanych gRNA.

7. Badania RNA rozgałęzionego fosforanami

Naukowcy badający niezwykłe architektury RNA, takie jak RNA rozgałęziony fosforanem, wykorzystują 2′-O-metylo-rA(N-Bz)fosforamidyt do przygotowania modelowych oligonukleotydów zawierających pojedynczą wolną grupę 2′-OH do badania stabilności hydrolitycznej rozgałęzionych wiązań fosfotriestrowych w warunkach fizjologicznych.

8. Badania stabilności termicznej modyfikowanych oligonukleotydów

2′-O-Metylo-rA(N-Bz) Fosforoamidyt jest stosowany w systematycznych badaniach stabilności termicznej (Tm) modyfikowanych dupleksów oligonukleotydów, w tym w charakteryzowaniu wpływu pozycyjnego modyfikacji 2′-O-metylu na temperaturę topnienia dupleksu i termodynamikę hybrydyzacji.

9. Synteza oligonukleotydów na fazie stałej

Rozwój procesu Chemicy zajmujący się procesami i specjaliści od syntezy oligonukleotydów używają 2′-O-metylo-rA(N-Bz)fosforoamidytu do optymalizacji warunków sprzęgania, protokołów usuwania grup ochronnych i metod oczyszczania na potrzeby produkcji na dużą skalę środków terapeutycznych na bazie 2′-O-metylo-modyfikowanego kwasu nukleinowego. Cosperpharm dostarcza dane analityczne dotyczące poszczególnych partii, aby wspierać działania związane z walidacją procesów i zwiększaniem skali.

10. Opracowanie metody analitycznej do kontroli jakości oligonukleotydów

2′-O-metylo-rA(N-Bz)fosforoamidyn jest stosowany jako wzorzec odniesienia w rozwoju metod HPLC i LC-MS do ilościowego oznaczania zawartości zmodyfikowanych nukleozydów w oligonukleotydowych substancjach leczniczych i produktach leczniczych, a także do identyfikacji zanieczyszczeń związanych z syntezą (np. niecałkowitego usunięcia DMT, produktów depurynacji, produktów ubocznych utleniania fosforynów).

Skontaktuj się z nami

Potrzebujesz niezawodnego 2′-O-metylo-rA(N-Bz)fosforoamidytu o wysokiej czystości do swojego kolejnego projektu syntezy oligonukleotydów? Zespół Cosperpharm jest gotowy pomóc w zakresie specyfikacji produktów, potrzeb w zakresie dokumentacji i rozwiązań łańcucha dostaw dostosowanych do Twojego zastosowania.